Pada tahun 2006 Fakultas Ekonomi yang saat itu masih jurusan Pendidikan Ekonomi dibawah Fakultas Ilmu Sosial memisahkan diri dan mendeklarasikan Fakultas Ekonomi melalui SK Dirjen Dikti Nomor 761/D/T/2006 tentang Pembukaan Fakultas Ekonomi Unesa tertanggal 16 Februari 2006, dan Surat Keputusan Rektor Unesa No. 050/J37/HK.01.23/PP.03.02/2006 tentang Pemisahan Jurusan Pendidikan Ekonomi dan Program Studinya dari Fakultas Ilmu Sosial dan Pembukaan Fakultas Ekonomi tertanggal 16 Maret 2006.

Perjalanan panjang sejak tahun 2006 menjadi Fakultas Ekonomi belum lengkap rasanya jika belum ada Program Studi Ekonomi, akhirnya pada tahun 2016 dengan turunnya ijin penyelenggaraan program studi S1 ekonomi dengan SK Kementerian Riset Teknologi dan Pendidikan Tinggi Nomor: 514/KPT/I/2016, Tanggal 07 Desember 2016 secara sah berdiri.

Sejak berdiri pada tahun 2016 Program Studi S1 Ekonomi yang menjadi bagian dari Fakultas Ekonomi Unesa menyelenggarakan pendidikan dan pembelajaran dengan Mata kuliah utama Prodi S1 Ekonomi antara lain; Ekonomi Makro, Ekonomi Mikro, Matematika Ekonomi, Statistik, dan Ekonometrika.

Program studi S1 Ekonomi selalu berupaya untuk memberikan layanan akademik dan tugas Tridharma Perguaran Tinggi secara professional dengan didukung sumberdaya tenaga Pendidik (Dosen) yang telah berkuantifikasi pendidikan Doktor ( S3) dan Magister (S2).

Dengan di dukung Fasilitas, sarana, dan prasaran yang ada di Fakultas EKonomi Unesa, kegiatan akademik Program Studi S1 Ekonomi, untuk mencetak lulusan yang kompeten di bidang, perencanaan pembangunan, moneter, ekonomi public, serta di bidang ekonomi sumber daya